Tıp Fakültesi Dekanları Konseyi; 2007 yılı mart ayında kurulmuş, 1 Haziran 2007 tarihinde Prof. Dr. H. Ata Erdener genel sekreterliğinde ilk toplantısını gerçekleştirerek faaliyetlerine başlamıştır. Birçok gündemle çeşitli tarihlerde toplantılar düzenleyen konseyin yürütme kurulu; başkan, başkan yardımcısı, genel sekreter ve dört üye olmak üzere toplam yedi tıp fakültesi dekanından oluşmaktadır. 2002 yılında ilk defa hazırlanan Ulusal Çekirdek Eğitim Programı’nın hazırlanması ve güncellenmesi konseyin kurulmasıyla birlikte Tıp Fakültesi Dekanları Konseyinin öncelikli görevleri arasında bulunmaktadır. Ayrıca, Ulusal Tıp Eğitimi Akreditasyon Kurulu da konsey bünyesinde oluşturulmuş, ilerleyen süreçle birlikte ilgili dernek bünyesinde faaliyetlerine devam etmiştir.

Konsey, tıp eğitimiyle ilgili etkinlikler düzenlemiş, çeşitli tarihlerde raporlar hazırlamış ve bu raporları ilgili kurum ve kuruluşlara iletmiştir. 2007 yılından 2023 yılı temmuz ayına kadar toplam 5 yürütme kurulu başkanı görev yapmıştır. 2023 yılı temmuz ayı itibariyle Prof. Dr. Erdoğan Çetinkaya, Tıp Fakültesi Dekanları Konseyinin beşinci yürütme kurulu başkanı olarak göreve başlamıştır.